联川生物：TMTTandemMassTag标记定量蛋白质组学分析报告（29页）.pdf

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1、杭州联川生物技术股份有限公司杭州钱塘新区下沙 6 号大街 260 号中自科技园 16 幢 4 层邮编：310018TMT（Tandem Mass Tag）标记定量蛋白质组学分析报告项目名称TMT标记定量蛋白质组学合同编号XXXXXXXX项目样本信息物种信息XX客户信息客户姓名XX客户单位XXXXXXXXXX杭州联川生物技术股份有限公司杭州钱塘新区下沙 6 号大街 260 号中自科技园 16 幢 4 层邮编：310018目录1.项目结果展示.1.1 样本标记相关信息.1.2 蛋白质定性结果展示.1.3 蛋白质定量结果统计.2.进阶生物信息学分析.2.1 生物信息分析内容.2.2 Gene Ont

2、ology(GO)功能注释.2.3 差异表达蛋白质 GO 富集分析.2.4 KEGG 通路注释.2.5 差异表达蛋白质 KEGG 通路富集分析.2.6 蛋白质聚类分析（Clustering）.3.质量控制.3.1 预实验结果.3.1.1 蛋白质抽提、定量、SDS-PAGE 检测.3.1.2 预实验结论.3.2 标记效率质控.3.3 仪器状态质控.3.4 质谱鉴定和定量结果评估.3.4.1 肽段离子得分分布.3.4.2 蛋白质相对分子质量分布.3.4.3 蛋白质等电点分布.3.4.4 肽段序列长度分布.3.4.5 蛋白序列覆盖度分布.3.4.6 鉴定肽段数量分布.3.4.7 蛋白质丰度比分布.3

3、.4.8 火山图（Volcano plot）.4.项目流程及实验方法简介.4.1 TMT 原理.4.2 项目流程.4.3 数据分析流程.4.4 实验方法.杭州联川生物技术股份有限公司杭州钱塘新区下沙 6 号大街 260 号中自科技园 16 幢 4 层邮编：3100184.4.1 实验仪器和分析软件.4.4.2 试剂和耗材.4.4.3 蛋白质抽提.4.4.4 SDS-PAGE 电泳.4.4.5 FASP 酶解8.4.4.6 TMT 标记.4.4.7 High PH RP 分级.4.4.8 质谱分析.4.4.9 数据分析.4.5 生信分析方法.4.5.1 Gene Ontology(GO)功能注释

4、.4.5.2 KEGG 通路注释.4.5.3 GO 注释与 KEGG 注释的富集分析.4.5.4 蛋白质聚类分析(Clustering).5.输出文件及保存位置.5.1 输出文件注释说明.5.2 输出文件保存位置.6.参考文献.杭州联川生物技术股份有限公司杭州钱塘新区下沙 6 号大街 260 号中自科技园 16 幢 4 层邮编：31001811.项目结果展示1.1 样本标记相关信息表 1-1 样本标记信息TMT 标记126127128129130131No.样本组别AB样本名称A1A2A3B1B2B3样本编号A1A2A3B1B2B31备注：No.：多组标记实验序号。1.2 蛋白质定性结果展示表

5、 1-2 蛋白质鉴定结果统计DatabaseNo.Total spectraSpectra(PSM)PeptidesUniquepeptidesProteingroupsMusMusculus12831398260741619383985612备注：Database：选择使用的数据库物种名称（该物种信息由客户提供）；No.：标记实验序号；Total spectra：二级质谱谱图总数；Spectra（PSM,Peptide Spectrum Match）：鉴定肽段匹配到的谱图数；Peptides：鉴定到的肽段总数；Uniquepeptides：鉴定到的唯一肽段总数；Protein groups：

6、鉴定到的蛋白质总数。输出文件：1)项目结果展示附件 1_蛋白质鉴定列表.xlsx2)项目结果展示附件 2_肽段鉴定列表.xlsx1.3 蛋白质定量结果统计符合表达差异倍数大于 1.2 倍（上下调）且 P value（t test）小于 0.05 筛选标准的蛋白质视为差异表达蛋白质。表 1-3 蛋白质定量结果统计ComparisonsUp-Down-All-A/B103179282备注：Comparisons：差异比较组；Up-：上调差异表达蛋白质；Down-：下调差异表达蛋白质；All-：所有差异表达蛋白质。输出文件：1)项目结果展示附件 3_蛋白质定量和差异分析列表.xlsx（红色表示上调，